مورخين گذشته هاي بسيار دور سرزميني كه در آن بافق بنا شده است را به وجود دريايي كم عمق و بسته متصل كرده اند و وجود آثاري كه در برخي از كوههاي اطراف بافق مشاهده مي شود اين حس را بيشتر به يقين تبديل ميكند كه از جمله دريا بارهايي كه در كوههاي باجگان و... ديده مي شود از دريا بودن بافق در دوران دور حكايت ميكند و جهانگردان و سياحاني نظير سون هدين، ستوان استوار، ادوارد استارك، ماركوپولو، كلنل سي ام مك كرگر و لسترنج كه به ايران سفر كرده اند نيز در شرح مشاهدات خود از كوير بافق و يا دريا بودن اين مناطق در دوران گذشته سخني به ميان آورده اند به هر حال بايد گفت كه بافق از شهرهاي پيشين و تاريخي استان يزد است كه به دليل جايگاه طبيعي و جغرافيايي ارتباطي و استراتژيك خود در طول تاريخ بارها مورد هجوم ياغيان و كشور گشايان قرار گرفته است.
بعضي بافق را از بناهاي دوره اسلامي ميدانند، چرا كه بافق به حروف ابجد 183 ميباشد و به همين دليل تاريخ تأسيس اين شهر را با سال 183 هجري قمري ذكر ميكنند. بعضي از مورخين نيز بافق را يكي از شهرهاي قبل از اسلام مي دانند كه در روزگار ساسانيان معمور و آباد شد است و از جايگاه ويژه اي برخوردار گرديده است.
در نيمة دوم‌ سدة 6ق‌/12م‌ در دورة حكومت‌ ملك‌ ارسلان‌ سلجوقى‌ بر كرمان‌، ولايت‌ بافق‌ به‌ همراه‌ بهاباد و داور و كوبنان‌ به‌ اتابك‌ يزد سپرده‌ شد. اين‌ شهر در دورة تيموري‌ محل‌ زد و خورد برخى‌ از امرا و شاهزادگان‌ بوده‌، و در دورة صفوي‌ از مهارت‌ و شجاعت‌ تفنگچيان‌ بافق‌ و بهاباد ياد شده‌ است‌. بافق‌ در اين‌ دوره‌ قصبه‌اي‌ بيش‌ نبوده‌، و مستوفى‌ بافقى‌ مورخ‌ سدة 11ق‌ از آن‌ با عنوان‌ «قصبة طيبه‌« و «دارالشجاعه‌« ياد كرده‌ است‌.
منطقه بافق در زمان خليفه سوم (عثمان) توسط مسلمانان فتح شد و در نيمه دوم سده سوم هـ.ق يعقوب ليث بر اين منطقه دست يافت و در دوره ديلميان فخرالدوله ديلمي نيز براي مدتي بر اين ناحيه حكومت مي‌كرد.
از 536 تا 718 هـ.ق اتابكان يزد بر اين ناحيه حكمراني مي‌كردند و نماينده‌اي به بافق مي فرستادند در روزگار آل مظفر، حاكمان دوره تيموري و صفويان بافق رونق خاصي گرفت در حمله افغان ها به ايران به مردم منطقه يزد بخصوص بافق خسارات وارد شد و اين شهر در قلمرو محمود و اشرف افغان بود در دوره نادر شاه افشار و جانشينانش نيز بافق در دست حكام بود و عاقبت محمد تقي خان بافقي و بازماندگانش نيز بر اين ناحيه حكمراني داشتند. اين نكته نيز لازم به ذكر است كه بافق از دوره صفويه به دليل مردمان و صاحب منصبان شجاع و دلير به دارالشجاعه مشهور شد و اين لقب در چند مورد ازكتب مورخين از جمله جامع المفيدي ذكر شده است بافق به قصبه طيبه نيز مشهر بوده است.
بافق‌ در گذشته‌ از توابع‌ كرمان‌ به‌ شمار مى‌رفت‌، اما از حدود سال‌ 1188ق‌ به‌ ولايت‌ يزد پيوست‌. در تقسيمات‌ كشوري‌ 1332ش‌ بافق‌ يكى‌ از بخشهاي‌ شهرستان‌ يزد در استان‌ اصفهان‌ بود؛ اما پس‌ از تشكيل‌ استان‌ يزد و اهميت‌ يافتن‌ منطقه‌ به‌ واسطة كشف‌ و استخراج‌ معادن‌ كه‌ موجب‌ افزايش‌ جمعيت‌ آن‌ نيز گرديد، به‌ صورت‌ شهرستان‌ درآمد